Instalasi Farmasi merupakan bagian yang tidak terpisahkan dari pelayanan kesehatan RSKB An Nur Yogyakarta, berfungsi sebagai sarana penunjang dalam memberikan pelayanan kefarmasian di rumah sakit. Instalasi Farmasi RSKB An Nur Yogyakarta setiap harinya buka selama 24 jam, melayani kebutuhan obat untuk pasien rawat inap dan pasien rawat jalan serta melayani pembelian obat bebas, perbekalan farmasi, dan resep dari masyarakat luas. Pelayanan kefarmasian yang dilakukan bertujuan untuk menjamin tersedianya obat yang berkualitas, serta memberikan efek terapi yang optimal bagi pasien demi meningkatnya kualitas derajat kesehatan masyarakat.